Иван Егорович Забелин родился 17 сентября 1820 года в Твери, где его отец, Георгий Степанович, был мелким чиновником. Вскоре после рождения сына Георгий Забелин переехал с семьей в Москву, где поступил на службу в губернское правление. В 1828 году Забелин-старший умер, а через несколько лет Ивана отдали в Преображенское училище, находившееся при Альмсхусете. Иван Забелин хорошо учился, уже в 18 лет он смог поступить на службу в оружейную.
Именно работа в оружейной палате определила дальнейшую судьбу Забелина, он увлекся русской историей, в 1856 году стал архивариусом Московской дворцовой конторы. Имея доступ к архивным документам, Забелин написал в общей сложности около 250 работ по истории, среди наиболее известных — «Бытовой быт русского народа в XVI—XVII веках» и «История города Москвы». А свою первую статью о русских царях, посетивших Троице-Сергиеву Лавру, Забелин опубликовал в «Московских губернских ведомостях» в возрасте 22 лет».
В 1859 г по предложению графа Строганова Забелин поступил в Императорскую Археологическую комиссию, участвовал в раскопках скифских курганов в Крыму, результаты которых описал в «Древностях Геродота Скифских». К Забелину регулярно обращались за советом видные деятели русской культуры: писатель Л. Н. Толстой, драматург А. Н. Островский, художники В. М. Васнецов и И. Е. Репин.
Помимо научной деятельности, Забелин увлекался коллекционированием, свою коллекцию он формировал более четырех десятков лет. Особый интерес представляла коллекция рукописей с 15 по 19 века. Коллекционера интересовали не только официальные документы, но и частные письма, бумаги, в которых отражалась жизнь простых людей. Забелин особенно интересовался историей Москвы, города, где он провел большую часть своей жизни.
Еще во время работы в оружейной палате Забелин увлекся русской иконописью, историк собирал материалы о лучших русских иконописцах, всего Иван Егорович собрал более трех тысяч рисунков, многие из которых коллекционер уже купил у наследников известных мастеров. В коллекции Забелина были произведения Федора Захарова, Ивана Филатова, Прохора Зарина, Петра и Михаила Сапожниковых и других.
Забелин принимал активное участие в создании и работе Российского исторического музея. Когда Забелин поступил в музей на службу, он жил в служебной квартире на Красной площади и здесь, в своем кабинете, хранил свою огромную коллекцию. По воспоминаниям современников, весь кабинет был усыпан книгами, документами, предметами из крестьянского быта. В последние годы жизни Забелин написал завещание, по которому вся его коллекция была передана Историческому музею.
Иван Егорович Забелин умер 31 декабря 1908 года в возрасте 88 лет. Похоронен известный российский ученый-историк на Ваганьковском кладбище. После смерти Забелина вся его коллекция, как он и завещал, была передана в Исторический музей. Там же была мебель для кабинета историка и много личных вещей. Коллекция Забелина до сих пор находится в фондах музея, а книги были переданы в Государственную публичную историческую библиотеку в тридцатых годах прошлого века прошлого века.
На карте современной Москвы можно найти улицу Забелина: в 1961 году имя историка было присвоено бывшему Большому Ивановскому переулку. А с 1910 по 1961 год имя Забелина носил Кремлевский проезд в Москве. Кроме того, «Премия И.Э. Забелина» регулярно присуждается лучшим работникам историко-краеведческих музеев нашей страны.
Несмотря на то, что Забелин является одним из самых известных историков России XIX века, он не смог получить историческое образование, ему пришлось много заниматься самообразованием. Отсутствие университетского образования стало для Забелина препятствием для преподавания в Московском университете, только в зрелом возрасте Забелин стал почетным профессором этого учебного заведения.
